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请问百色印刷家谱哪家最好？河南村宣稱為曹操後裔的曹氏進行調查，發現其Y染色體類型也是O2* (M268+, PK4-, M176-)，或許也是曹操之後。”王傳超所介紹的研究結論，成為復旦大學公佈曹操傢族DNA研究成果後“紛爭四起”的導火索。
被DNA測試認定為曹操後人的多有動作。根據媒體披露，遼寧鐵嶺的曹氏後人想建一座“曹氏祠堂”，讓鐵嶺各地和從鐵嶺腰堡遷移到其他省份的曹操後人一起祭拜。被認為曹操“戶籍”的安徽亳州，立馬宣佈將投資2億元開建曹氏故居，包括曹操紀念館、曹操文化園等集文化、旅遊、休閑於一體的大型核心景區項目。
而被研究結果排除在外者則憤憤不平。常州曹氏有人表示異議：“老人都說我們是曹操後代，傳瞭多少代瞭，復旦這樣一個結果就把我們祖先否定瞭？”江西曹雪芹後人也質疑，僅憑4例江西血樣就把他們排除在外，不公正。
河南省文物考古研究所副研究員、曹操高陵墓葬考古隊領隊潘偉斌公開質疑復旦大學課題組“應用方法有問題”。潘偉斌認為，課題組研究的重要文獻依托，是258個曹姓族譜，但族譜問題很復雜。“現在看到的族譜都是明代以後的，之前的族譜找不到，就形成幾百年的斷檔。後來修的族譜靠傢族回憶，這是不可靠的，不可靠得出的結論不行。過去傢族修族譜，往往對自己的先人往皇室、皇族的背景上靠。靠的後果，是許多東西打折扣瞭。”
4年花2萬經費，由其他項目省出
更多的質疑指向研究的意義。大量網友質疑課題組“拿著科研經費當兒戲，吃飽瞭飯沒事幹”，有媒體因此哀悼“學術操守”淪喪，甚至直接“有罪推定”，懷疑“安徽亳州欲投資2億元打造曹操故居”與復旦曹操傢族DNA研究存在利益關聯。
著名科普作傢方舟子站出來表示“復旦曹操傢族DNA研究並不荒唐”。“理論上來說，確實有這樣的可能性，通過檢測一些有可能是曹操後人的基因，找到一個特殊的序列，這個序列本身罕見，而且在曹操傢族的男性中又有一定的出現率，那麼有可能因此而確定曹操傢族的DNA。此外，據公開的消息顯示，他們還算出瞭這個序列流傳的時間，和曹操本身接近，這些本身也確實有研究的價值。”方舟子稱，世界上類似的課題並不少見，本身也有它的作用，對於解開歷史謎題也有幫助，因此，這樣的研究是成立的，並不是荒唐無稽、浪費經費。
“曹操項目本身沒有提前立過項，沒有專門找一塊資金來做。用的是研究東亞人群起源的經費來做這件事。如果說跨學科，實話說文科就算能申請下來幾萬塊經費，對於分子生物學研究也不過杯水車薪，出差采幾次樣就沒有瞭。我們做這事純粹是賺吆喝。”課題組成員嚴實針對網上的質疑，對時代周報記者作瞭回應，“歷時約4年中所有采樣過程的花費不過2萬元左右，全是從實驗室很多其他項目中省出來的。”
“現在的大眾對科學傢的期望還停留在陳景潤時代，睡草棚、吃窩窩頭，解答世界難題。有很多質疑其實都是反映長期以來大傢的一貫看法，覺得科研經費是被一堆不學無術的人A(騙)得很慘。”一位在華南地區理工科高校任教的老師向時代周報記者表示，一些“外行”針對復旦曹操傢族DNA研究提出各種質疑，甚至還有試圖通過發表論文期刊是否權威來評價研究成果，“正是這樣造成學界SCI(科學引文索引)風氣嚴重。在科學領域，外行就不該說話，這還真不是歧視。”
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